因此，辣椒的驯化首先是将野生辣椒从原产地移栽到人类迁移地开始的，因辣椒是辛香调味料，在古代没有大规模商业化生产，人口密度稀，没家的需求量不大，当地的野生辣椒就能满足需求，没有人工栽培的必要；其次是对辣椒栽培过程中产生的变异给予关注，加以选择、保存下来。
驯化对辣椒性状产生了重大影响。
易脱落和果实朝上是有利于散布种子而通过自然进化而来的特性，但这种易脱落性对人工栽培是不利的，因此人类在驯化辣椒时可能有意或无意地选择了在收获时期还未脱落的果实，这就造成辣椒栽培种的果实一般都不易脱落。
野生种的果实全部呈红色，而栽培种的果色除红色外，还有橘色和黄色等其他颜色。对果实或种子驯化的结果，栽培种都比野生种大，栽培种的变异幅度大，野生种的变异幅度小，特别是果实大小和形状，总体变化趋势是变大、变异类型更加丰富。
栽培种的花丝稍微变大，花柱变小；野生种花柱外露，栽培种不外露。这意味着野生种多倾向于异花授粉，栽培种多倾向自花授粉。驯化导致自交可能性增大，这对保护种子的种性十分有利。因为辣椒不像大田作物那样在一个地区内进行大规模生产，一般面积不大，少的时候只有几株，多的时候几百株的种植量，直到 19 世纪都是如此，所以留种并不需要采收大量的辣椒，有时几个果就足够了。为满足这种需求只能让留种辣椒与其他植株隔离，强迫自交，才能保持留种辣椒种子的种性不发生变化。这促使了辣椒从异交转变为自交。
人工栽培行为对辣椒发芽时间的影响相当明显，以下垂辣椒为例，栽培种的发芽时间一般为 8 ~ 10天，最晚在两周内也会发芽。但野生种的发芽时间需要 9 ~ 23天，不同种子间发芽时间长短的差异非常大。这可能是因为野生种在发芽时的天气条件无法保障，为了保证物种最大可能延续，通过增加发芽时间的天数来提高发芽率。而人工栽培时会选择最佳气候条件时发芽，故发芽时间缩短，发芽整齐一致。这降低了生产成本，方便栽培管理。所以发芽时间缩短和整齐一致也是辣椒驯化的结果。
从整体来看，栽培种果实一般表现不易脱落，果实较长，花柱为非突出型，果实下垂；而野生种果实易脱落，果实小，花柱为突出型，果实朝上。但也有的栽培种与野生型一样果实小且朝上生长，但却不易脱落，花柱也是非突出型。
辣椒与其类等不同，收获时需将果实一个个采摘下来，所以人们很容易在收获果实时及时发现果实的变异，并能够将自然突变产生的果实大小、形状和颜色变异通过人工栽培保留下来，这是导致辣椒遗传多样性极为丰富的重要原因。
辣椒驯化所引起的变化，不同栽培种之间略有差异，但大趋势相同，一年生辣椒、下垂辣椒、灌木辣椒、中国辣椒及绒毛辣椒果实均是由小、红、向上直立变向多种颜色、朝下生长。即使驯化的地区或原始野生种不同，但栽培化方向都是使可食用部位肥大化和多样化。
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