MNP标记--品种鉴定利器！基金和文章一起抓！值得拥有！

多核苷酸多态性（Multiple Nucleotide Polymorphism，MNP）标记法由江汉大学彭海教授团队自主研发，该标记检测的准确率高达99.98%以上，是继简单重复序列（SSR）标记法和单核苷酸多态性（SNP）标记法之后的，植物品种鉴定第三个国家标准（GB/T38551-2020）。

该方法可以用于原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定，已在大量物种中验证：水稻、玉米、大豆、棉花、花生、谷子、西瓜、甜瓜、黄瓜、艾草、番茄、辣椒、白菜、龙眼、荔枝、猕猴桃等等，是一个精准、快速、简便的品种鉴定方法。

什么是MNP标记？

MNP是一组长度小于300bp的基因组片段内的多个分散的SNP。MNPs标记的开发目的是针对目标物种进行品种鉴别，鉴别力的大小取决于标记的多态性、标记的数量和基因分型的准确性。

MNP标记原理图

MNP标记原理：

基因组内存在许多的SNP位点，将这些不同SNP位点的等位基因型组合起来，用于区分不同的个体DNA，当用多个个体的MNP位点构成具体物种的MNP标记位点数据库后，鉴定新材料时只需要将待测样品DNA和混合MNP标记引物在一次PCR体系中扩增，并利用二代测序检测扩增出的这些位点的序列即可，所以检测的实际操作非常便捷。

重要的是：

首先，MNP标记法在筛选目标区段时避开了易出错的序列，比如SSR和连续的SNP位点，这些位点极易与测序错误混淆；

然后，基于高通量测序的MNP标记检测克服了凝胶电泳中SSR扩增长度的不确定性和SNP标记的微阵列杂交噪声；

最后，MNP位点会通过二代测序重复检测上千次，重现性和准确性都难得到保障。

目前MNP标记法已得到广泛应用，也有不少老师以MNP标记为主要内容拿到了大量的项目经费并发表了相关文章。

如果你手里有自然群体材料或者做过GWAS分析等都可以进一步开发MNP标记数据库。

MNP标记分析介绍

01

常规分析

1、根据群体材料的全基因组重测序数据，经过比对分析得到SNP的VCF文件；

2、以一定长度的碱基作为滑动窗口，以固定步长扫描全基因组；

3、匹配严格的MNP标记筛选标准，得到候选MNP标记库；

4、使用misa软件在全基因组范围寻找SSR，去掉含有SSR的窗口；

5、以DP值和SNP数量等标准进行最终筛选以获得MNP标记；

6、针对筛选得到的MNP标记进行引物设计；

7、绘制MNP标记染色体密度分布图。

02

高级分析

正常来说，MNP标记分析做完常规分析之后就是进行后续的标记验证和品种相似度计算。

但是这一步对很多老师来说，工作量大，成本也高，无法在短期内开展。

因此，我们组学大讲堂提供MNP标记数据库高级分析，具体如下：

1、提取所有样品所有候选MNP标记内的SNP基因型；

2、两两样品进行比较，经过比对计算得到两两样品的相似度；

3、整理所有样品两两间相似度数据，绘制相似度矩阵。

到此，整个MNP标记的分析就全部完成了。

您拿到数据之后，根据相似度矩阵进行筛选设定相关标准。有新的材料需要鉴定时话，对待鉴定材料进行重测序，提取基因型比对即可。

如果您有相关需求，可发邮件至tech@biomics.com.cn（说明单位、姓名、研究物种等信息）进行咨询，我们的工作人员会及时与您联系。

END

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