从全基因组角度剖析PRRSV-2临床复发原因-农兜网

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母猪场PRRSV临床复发，对生产者和从业者来说是一个令人沮丧的现实。单一病毒变异株能够持续存在，并在猪群中反复引发临床疫情，而这些猪群本应对近期接触高度相似的基因变异株（同源性≥97%）具有较强的免疫力，但其潜在机制尚不清楚。

本研究系统地识别了母猪场的临床复发病例，并对每次疫情中分离的病毒进行全基因组测序，以探究结构蛋白中特定氨基酸位点的替换是否与复发相关。

方法

美国某生产系统共享了所有母猪场从2017年1月~2023年3月的流产计数、疫苗接种史、母猪驯化方案和诊断数据。根据该数据集，根据以下标准识别了各个猪场的临床复发：每周流产数量首次超过阈值上限，处理液CT值随之下降，然后在3~12个月内每周流产数量再次超过阈值，且与首次流产高峰的ORF5核苷酸同源性≥97%。对每次流产暴发事件中的病毒分离株进行了全基因组测序。对每对复发病例的结构蛋白氨基酸序列进行了比较。

结果

13个临床再暴发事件的病毒分离毒株符合选择标准（如图1中的再暴发案例）。这些事件发生在12个农场，其中一个农场经历了两次不同的再暴发事件，这些事件由不相关的病毒变异毒株引起，相隔数年。再暴发之间的中位数天数为213.5天（IQR=159.8-230.8）。从提交给明尼苏达大学兽医诊断实验室的样本中获得了26个全覆盖（不包括5’和3’非翻译区域）的全基因组序列。

在13个再暴发事件中，每个再暴发事件的成对比对揭示了一次疑似重组，原病毒毒株和后来临床暴发毒株之间发生的重组。全基因保守序列随后与PRRSV-2型毒株VR-2332（Genbank ID：NC_038291）进行了比对以确定ORFs。ORF1a/1b的变异性最大，其中位数遗传距离分别为1.85%（IQR：0.53-4.23%）和2.25%（IQR：0.45-8.28%）。编码结构蛋白（ORFs2-7）的最容易变异的ORF是ORF5，其中位数遗传距离为1.60%（IQR：0.675-1.98%）。

表格比较了 AA 位置、再次破发的比例（%）、预期比例（%）和现有证据。

讨论

在多个母猪场中发现了PRRSV的再次暴发事件，尽管基因组间具有高度同源性，但在各个母猪场中，许多氨基酸位点在首次暴发和后续暴发之间发生了变化。这些突变主要集中在结构蛋白上，这些区域容易被宿主抗体识别，其中包括与实验室中观察到的免疫逃逸现象相关的GP5位点。这项研究填补了人们对PRRSV所有结构蛋白抗原重要性认识的空白，并强调了从母猪群中的PRRSV暴发中获取全基因组序列的重要性。

原文链接：https://umnswinenews.com/2025/05/02/repeat-offenders-prrsv-2-clinical-re-breaks-from-a-whole-genome-perspective/

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